# 使用PyTorch官方镜像（CUDA 11.8版本）
FROM pytorch/pytorch:2.1.0-cuda11.8-cudnn8-runtime

# 安装系统依赖
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
    git \
    wget \
    libgl1 \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# 安装Python基础科学计算库
RUN pip install --upgrade pip -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple && \
    pip install --no-cache-dir \
    numpy \
    pandas \
    scipy \
    matplotlib \
    scikit-learn \
    biopython \
    -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

# 安装PyG及相关扩展（兼容CUDA 11.8）
RUN pip install --no-cache-dir \
    torch-scatter \
    -f https://data.pyg.org/whl/torch-2.1.0+cu118.html


# # 安装PyG及相关扩展（兼容CUDA 11.8）
# RUN pip install --no-cache-dir \
#     torch_geometric \
#     torch-scatter \
#     torch-sparse \
#     torch-cluster \
#     -f https://data.pyg.org/whl/torch-2.1.0+cu118.html



# 复制项目文件
WORKDIR /app
COPY . .

# 设置启动命令
# CMD ["python", "code/predict_v2.py"]
CMD ["sh", "run.sh"]